二代三代转录组测序分析实战班

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所属分类:转录组学

  转录组大家都很熟悉了,我们之前也有几篇介绍:

  转录组分析的正确姿势39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)120分的转录组考题,你能得多少

  年前开了一期二代转录组线下研讨班,效果挺好,大家学的很扎实,不少朋友又继续参加了后续其它内容的培训课程。在一起学习,一起聊天,互相有些收获;能得到持续的认可,是我们最好的动力。

  上次转录组培训后,还有不少新朋友希望能再开一期。5月份又恰逢一个在美国做三代测序分析 (PacBio和Nanopore)的朋友回国,机会难得,就决定在5月12日-20日在北京鼓楼再开一期,前两天二代转录组测序分析,后两天三代转录组测序分析。

  这么多的内容看似与我们之前推崇的内容要少,学会是王道,有些不符。但多次培训下来,发现大家的接受能力都比较强,而且在微生物组扩增子培训时, 我们探索了一个更好的方式,保证在内容多的时候,也可以不同层次的朋友学会。

  我以前推崇学习就要敲代码,我们在教授基础课时都是现场讲解思路、现场敲代码、现场调试,演示整个程序的编写、调试过程,给大家感受写程序的过程。而且助教老师和学员们会临时提出很多问题和需求,现场一起去解决,在这个过程中都能学到很多新知识和新用法。我们第一期转录组也是这么进行的,当时设置的内容比较少,整个学习下来很扎实。

  但后来发现,这个对基础课如(Linux, R, Python)效果更好;而后面的高级分析课,尤其是对基础薄弱的朋友,更重要的是能理解整个分析过程,运行流程得到分析结果,把流程带走应用到自己的数据。而且大家把时间花在敲代码上,效率就会低一些 (不过如果想做生信,这一步总是要做的,回去对着视频和脚本,自己敲,有问题在群里提问,就事半功倍了)。

  我们在扩增子课程中第一次探索了提供整个分析流程的方式,一步步讲解一遍流程的细节,一步步运行体验流程,再重头讲一遍流程,反复至少三遍 (之所以说至少,是因为中间也会对多个细节进行多次讲解和讨论),从理论和操作都对流程和结果有了深入理解。而且我们做了很好的封装,如果应用于自己的数据,只需修改下对应的实验设计文件,就可以获得最终的分析图表。

  这样不同基础的朋友都可以有自己的收获:

  基础薄弱些的学会了可以按照要求提供输入获得所有结果,并进行解读;基础好一些的朋友,可以阅读流程里面的脚本怎么写的,跟自己之前的做些比较。分析技能学到一定程度都是有个相互比照,互相阅读代码,才能更好进步;基础再好的,可以在这个基础上,提出更多需求,一起写作拓展流程;

  在正在进行的ChIP-seq课程中,软件安装基于Conda,运行环境近乎一键部署;提供了整套分析命令,封装上没有扩增子课程做的好,但总体易用,简单改下样品名字即可用。这个课程也是目前课上讨论比较热烈的课程,一边运行着流程,一边讲解流程并讨论新的解决方式,整个过程下来感觉很充实,头脑风暴+现场实现。数据处理中流程是一方面,细节把握也很重要,这个需要不断讨论才能了解更深。

  有了这些基础和尝试,这次同时提供二代和三代转录组分析,并在之前的基础上增加可变剪接分析。相信内容增多,效果也会更好。而且培训后,还可以继续观看培训视频,反复学习。不怕学不会,就怕不去学。

  (如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

  课程简介

  请详细阅读课程简介,如果以下内容您全部或部分精通,欢迎报名应聘讲师。

  一、转录组的应用、设计和案例分享

 

二代三代转录组测序分析实战班

 

  转录组学研究技术介绍转录组学实验设计和测序原则、注意事项转录组学文章案例分析在线基因表达资源数据库

  二、转录组分析流程实战

 

二代三代转录组测序分析实战班

 

  测序数据质量评估和清洗基于比对的差异基因分析不基于比对的差异基因分析转录本组装和选择性剪接分析目标基因富集分析

  三、转录组高级分析

 

 

  WGCNA基因共表达分析WGCNA基因、表型关联分析Cytoscape 共表达网络绘制转录组常见图形在线绘制

  四、三代测序技术概述

 

二代三代转录组测序分析实战班

 

  PacBio和Oxford Nanopore测序的原理三代测序的特点和应用三代测序在转录组研究的优势和案例分享

  五、三代测序基本分析流程

 

二代三代转录组测序分析实战班

 

 

二代三代转录组测序分析实战班

 

  原始测序序列去除接头和错误序列提取环形一致序列读长(CCS reads)CCS reads分类(包括全长和非全长CCS reads)CCS reads聚类(根据CCS reads序列的相似性)获得最终的转录本集合最终转录本比对回基因组转录本定量和可变剪接分析

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