转录组学(Transcriptomics)

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所属分类:转录组学

  转录组学是研究特定的细胞、组织或个体在特定时间和状态下所转录出所有 RNA 的学科,转录组测序是指利用高通量测序方法,研究特定的细胞、组织或个体在特定时间和状态下所转录出的所有 mRNA,用于揭示不同功能状态下的基因表达、结构的差异,阐明分子机制。

  应用领域

  医学研究:疾病标志物筛查、疾病的诊断和分型、疾病复发诊断、病因与病理机制探究、临床疗效评价、药物毒理学评价

  生命科学研究:非生物环境关系研究、植物与微生物、在表型鉴定中的应用、代谢途径及功能基因组研究、药用植物研究中的应用

  产品类型

  ● 真核转录组测序● LncRNA 测序● 原核转录组测序● CircRNA 测序

  ● 小 RNA 测序● 全转录组测序

  样本要求

  ● 动植物组织 ≥ 0.2g● 细胞 ≥ 107 个● 真菌 ≥ 0.2g● 细菌 ≥ 0.2g

  ● 液氮或 -80℃保存● 干冰运输

  案例分析

  视黄醇敏感的 Hoxb 簇维持正常造血和抑制白血病发生

  Retinoid-Sensitive Epigenetic Regulation of the Hoxb Cluster Maintains Normal Hematopoiesis and Inhibits Leukemogenesis

  期刊:Cell Stem Cell 影响因子:21.464

  发表时间:2018年 发表单位:美国斯托尔斯医学研究所

  研究背景

  Hox 基因调节造血干细胞(HSCs),在造血因子中重新获得的 Hox 表达参与白血病的发生。

  研究设计

  本文通过转录组和 DNA 甲基化分析,证实 Hoxb 簇和维甲酸信号基因主要富集在 LT-HSC 中,并且这种 Hoxb 表达的协同调节是由维甲酸依赖的顺式调节元件介导的。DNA 甲基转移酶介导 DNA 甲基化,导致 Hoxb cluster 表达降低。

  研究结果

  DNMT3A 突变的急性髓系白血病患者表现为低甲基化。CRISPR Cas9 介导的特异性 DNA 甲基化降低了 HOXB 的表达,减轻了白血病的发生。

转录组学(Transcriptomics)

  图 1 WT 和 DERARED 缺失的 HSC 细胞转录组测序

转录组学(Transcriptomics)

  图 2 Wnt5a 处理的 HSC 转录组分析

  结论

  这些发现证明了通过协调调节 Hoxb 基因,维甲酸信号和去鼠素在维持 HSC 和防止白血病发生中的作用。

  参考文献

  Qian P et al., Retinoid-Sensitive Epigenetic Regulation of the Hoxb Cluster Maintains Normal Hematopoiesis and Inhibits Leukemogenesis. Cell Stem Cell. 2018 May 3;22(5):740-754.e7

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