【WEGO】GO注释可视化

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所属分类:多组学整合分析

BGI开发的一款web工具,用于可视化GO注释结果。自己平时不用,但要介绍给别人,简单记录下要点,避免每次授课前自己忘了又要摸索。
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导入文件到灰色框中,可同时导入多个文件进行比较(点一次弹出一次)。支持多种文件格式导入,如果是自己导入,可另存为txt导入,通常我们做GO注释后,会有这样一个基因和GO对应关系的文件:

如果是要做个样本比较的话,每个样本一个文件导入,这样才好比较。
也可用Launch WEGO Demo直接用demo数据,默认GAF Format,这是InterProscan注释的结果文件,打开的话也是同上一个基因对应多个GO编号的格式。
WEGO目前支持常见9种物种的可视化。一般导入文件后,系统会自动根据GO编号识别,无需选择物种。如果选择物种,系统会将物种全部GO注释结果作为一个样本可导入的样本比较。
提交后,得到如下结果。如果基因数目多,可能会花费一段时间。

最上方是注释的结果,包括每个样本全部注释的情况和三个本体注释结果。
GO Tree是以树的形式展示结果,GO term是分层级的,三个本体是Level 1,依次下去Level 2——Level 6。Show GO Level是说要展示到第几层级结果,如下图,展示到Level 4,注意要点击Display按钮。

后一个按钮Select GO Level是说我们要选择第几层结果,比如我选择2,点击Select按钮后,就只选择了所有Level 2结果:

三个本体都是这样的:

Graph就是可视化结果。这个结果是基于以上选择的Level做出来的。

大小、主题、颜色、标签、导出格式等都可自己选择。
而且,还有一个富集分析的柱形图结果,阈值什么的都可以自己调整。

很简单有木有?其实官网的文档也介绍得很详细了,不懂去看看。可是我英语很烂,头疼。。。

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