NextPolish对基因组进行polish

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所属分类:基因组学

NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具,对三代以及二代均可进行polish。

gituhp地址:https://github.com/Nextomics/NextPolish
基因组进行de novo组装后,得到contig,必须使用三代(尤其是没有consensus,比如minimap2+miniasm),二代进行纠错。NextPolish是一个非常不错的选择,同时支持三代,二代,hifi进行纠错。
1 安装
本次安装的最新版本为v1.3.1, 下载后
tar -vxzf NextPolish.tgz && cd NextPolish && make

2 配置文件
[General]
job_type = local ## local, sge, pbs... (default: sge)
job_prefix = nextPolish # 输入名
task = best # 有【all, default, best,1,2,5,12,1212..】1,2 针对二代reads,5 针对长reads,默认为best即可
rewrite = no # 以后文件是否覆盖结构;默认 no
rerun = 3 # 未完成jobs进行再次运行;默认 3
parallel_jobs = 2 # 并行的任务;默认6
multithread_jobs = 3 # 每一个任务线程; 默认 5
genome = ./raw.genome.fasta # 基因组文件
genome_size = auto # 自动即可
workdir = ./01_rundir # 输入文件
polish_options = -p {multithread_jobs} # 进行polish的进行数量

[sgs_option] ## 短reads参数设置
sgs_fofn = ./sgs.fofn # 含有二代reads路径的文本,每行一个文件
sgs_options = -max_depth 100 -bwa # 默认用bwa进行比对,还可以选择minimap2

[lgs_option] # 长reads 参数设置(如果仅用二代,这个可以删除)
lgs_fofn = ./lgs.fofn # 含有长reads的文本文件
lgs_options = -min_read_len 5k -max_depth 100
lgs_minimap2_options = -x map-ont ## pacbio为map-pb, ont为map-ont

3 运行示例文件
nextPolish test_data/run.cfg

结果为/NextPolish/test_data/01_rundir/genome.nextpolish.fasta
序列小写字母表示低质量碱基,一般由于杂合导致
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参考

https://github.com/Nextomics/NextPolish

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