Inparanoid:寻找物种间直系同源基因的软件

  • A+
所属分类:基因组学

Inparanoid是一个寻找物种间直系同源基因的软件,同时相应的网站目前包含了100 organisms, 1687023 sequences。

Inparanoid单机版程序是一款非常优秀的寻找直系同源基因(orthologs)的工具,目前已经开发到4.1版本,可以在线获取(http://software.sbc.su.se/cgi-bin/request.cgi?project=inparanoid)。

软件的基本用法:

1. 输入数据:

两个物种的全部蛋白序列,分别以fasta格式存储,A.pep, B.pep

2.准备工作:

该软件需要调用系统中其他程序,如BLAST,使用前需要修改程序开头部分的BLAST路径设置。

该软件的相关参数也在程序源文件中修改

3.运行方法:

perl inparanoid  A.pep B.pep

4.程序输出:

# Output options: #

$output = 1; # table_stats-format output #

$table = 1; # Print tab-delimited table of orthologs to file "table.txt" #

# Each orthologous group with all inparalogs is on one line #

$mysql_table = 1; # Print out sql tables for the web server #

# Each inparalog is on separate line #

$html = 1; # HTML-format output #

相关网站:http://inparanoid.sbc.su.se/cgi-bin/index.cgi

相关论文:

"InParanoid 7: new algorithms and tools for eukaryotic orthology analysis" Ostlund G, Schmitt T, Forslund K, Kostler T, Messina DN, Roopra S, Frings O and Sonnhammer ELL Nucleic Acids Res. 38:D196-D203 (2009) [PDF]

"InParanoid 6: eukaryotic ortholog clusters with inparalogs" Berglund AC, Sjolund E, Ostlund G and Sonnhammer ELL Nucleic Acids Res. 36:D263-266 (2008) [PDF]

"Inparanoid: A Comprehensive Database of Eukaryotic Orthologs" O'Brien Kevin P, Remm Maido and Sonnhammer Erik L.L NAR 33:D476-D480 (2005) [PDF]

"Automatic clustering of orthologs and in-paralogs from pairwise species comparisons" Maido Remm, Christian E. V. Storm, and Erik L. L. Sonnhammer J. Mol. Biol. 314:1041-1052 (2001) [PDF]

  • 蛋白质组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin
  • 代谢组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: