BreakDancer的安装与使用

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所属分类:基因组学

安装BreakDancer总共需要完成以下三个软件的安装工作

PerlSamtoolBreakDancer Software

安装perl语言 (一般linux系统已经自带了)以及相关的package

下载额外的GD Graphics Library ( Download from CPAN )

GD-1.18GDGraph-1.44GDGraph-histogram-1.1GDTextUtil-0.86Math-CDF-0.1Statistics-Descriptive-3.0100

安装Library(以GD-1.18为例, 详细内容可参考每个Library的Readme文件)

tar -zvxf GD-1.18.tar.gz

cd GD-1.18

perl Makefile.PL

make

make install

Samtool的安装方法

在之前我已经在这个网站上面介绍了Samtool的安装方法,可以参考https://www.plob.org/2011/03/06/6.html

将Samtool加入PATH

编辑home目录底下的.profile文件

在export PATH之前加入PATH="${PATH}:samtool文件夹的绝对路径"

以samtool资料夹绝对路径为/home/bioinfo/samtool为例修改.profile檔案

在export PATH之前加入PATH="${PATH}:/home/bioinfo/samtool"

BreakDancer

下载BreakDancer (download from BreakDancer Source Forge:http://breakdancer.sourceforge.net/)

breakdancer-1.1_2011_02_21.zip

解压

unzip  breakdancer-1.1_2011_02_21.zip

安装BreakDancer

#进入breakdancer-1.1_2011_02_21/cpp文件夹

cd breakdancer-1.1_2011_02_21/cpp

#编译

make

使用流程

准备资料

Paired-end short read alignment data (*.bam)

检测流程(以现有的资料human.bam为例)

产生lst檔案

perl bam2cfg.pl human.bam > human.lst

检测Structural Variant

perl BreakDancerMax.pl human.lst > human.SV.output

检测Small InDel

perl BreakDancerMini.pl human.lst > human.InDel.output

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