主成分分析(PCA)原理详解 生物信息学

主成分分析(PCA)原理详解

一、PCA简介1. 相关背景上完陈恩红老师的《机器学习与知识发现》和季海波老师的《矩阵代数》两门课之后,颇有体会。最近在做主成分分析和奇异值分解方面的项目,所以记录一下心得体会。在许多领域的研究与应用...
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看懂Circos图 生物信息学

看懂Circos图

首先我们通过下图从整体上了解下Circos的工作流程,其中核心的是config配置文件,它决定了Circos的每一圈读入什么样的数据,并且决定它们以什么方式展示,是柱状图还是散点图,也包括颜色、字体等...
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被忽视的Samtools参数 生物信息学

被忽视的Samtools参数

Samtools是一个用于操作序列比对结果sam和bam文件的工具合集。sam文件格式SAM格式由两部分组成:头部区和比对区,都以tab分列。头部区:以’@’开始,体现了比对的一些总体信息。比对的SA...
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ChIP-seq的Input(对照) 生物信息学

ChIP-seq的Input(对照)

关于对照说到实验设计就不得不提到对照。从小老师教育我们,没有对照组的实验是不完整的,或者说就没有任何意义。所有的生化湿实验都很讲究完整的正对照和负对照。当然,下面的实验我都没做过。。。蛋白相关实验真真...
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R语言学习 – 线图绘制 生物信息学

R语言学习 – 线图绘制

线图线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵。单线图假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展示。p...
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Co-occurrence网络图在R中的实现 生物信息学

Co-occurrence网络图在R中的实现

作者:陈亮 单位:中科院微生物所,  刘永鑫编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大的启示。这...
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