Freebayes Call SNP 生物信息学

Freebayes Call SNP

Freebayes身为众多call变异软件中的一员,一直被使用到现在,肯定有其独到之处。因此对其的简单使用方法做个笔记 1. 下载及安装 git clone --recursive git://git...
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Annovar注释vcf-笔记 生物信息学

Annovar注释vcf-笔记

找了突变,获得了snp的vcf文件,肯定想知道这些突变位点到底是出现在哪些基因上以及那些转录本上;如果是出现在外显子上的突变,想了解这些突变会对编码蛋白造成怎么样的影响,这些统统能用annovar解决...
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SnpEFF注释vcf-笔记 生物信息学

SnpEFF注释vcf-笔记

找了突变,获得了snp的vcf文件,肯定想知道这些突变位点到底是出现在哪些基因上以及那些转录本上;如果是出现在外显子上的突变,想了解这些突变会对编码蛋白造成怎么样的影响,这些统统能用annovar解决...
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gffcompare和gffread 生物信息学

gffcompare和gffread

gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff格式文件的小工具。现在gff格式一般是用第三版gff3,以小鼠genecode上下载的gff文件为例,如下所示: chr1 HA...
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SAM格式的学习 生物信息学

SAM格式的学习

Sam格式在NGS中是一个不可或缺的格式,所以我们必须对其有一定了解。网上有很多文章对其有讲解,我当初也是看了那些文章入门的,当然最后只懂了每列是干嘛用的,但是具体每个标识代表什么含义却一知半解。虽然...
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