比对软件Blast,Blast+,Diamond比较

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所属分类:生物信息学

-(2)比对
diamond blastp -d nr -q reads.fa -e 1e-5 -f 6 -o out_diamond.m6 -k 10 -p 2
主要参数说明
--db/-d 输入比对数据库
--query/-q 比对序列
--threads/-p 线程数
--out/-o 输出文件
--outfmt/-f 输出文件格式,默认6(表格)
--evalue/-e 比对的最大evalue值(默认0.001)
--max-target-seqs/-k 比对到的最大序列数,默认值是25
其他参数:
--top 百分数的形式表示--max-target-seqs
--min-score 最小评分
--id 给出指定百分比的数据
--subject-cover 最小覆盖度
--unal (0,1) 是否输出未比对上的reads(0=no, 1=yes)
--sensitive 建议对齐较长的序列
--more-sensitive 比对准确度更高
--block-size/b,一次处理的十亿碱基的大小,主要控制内存使用,默认为2(预计使用此内存数量的大约六倍,即默认内存使用将到达12G),转录流程使用0.2
--salltitles 将全长标题包含在DAA格式中,默认DAA文件仅包含缩短序列ID(直到第一个空白字符)
转录组流程使用参数:
diamond blastx --evalue 1e-05 --threads 3 --outfmt 5 -d /ifs4/BC_PUB/biosoft/db/Pub/nr/RNA/20170924/animal.fa -q allcdnawithnovelcds.fa -o allcdnawithnovelcds.fa.blast.nr --seg no --max-target-seqs 5 --more-sensitive -b 0.2 --salltitles
Ref:
diamond输出格式:
0 BLAST pairwise format.
5 BLAST XML format.
6 表格模式 (默认输出格式).
100 DIAMOND
101 SAM format.
102 Taxonomic ification.
103 PAF format.

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