【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD

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所属分类:生物信息学

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PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多,尤其是在学术界(因为大部分科研人员只会鼠标点点框)。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Windows服务器,因为普通个人电脑可遭不住这种大规模数据的搜索。
除了蛋白鉴定定量,PD还可以做质谱数据的转化。但是我之前比较过,PD转化的结果和MSConvert或ThermoRawFileParser的结果有些差别,不知哪个更可信些。
突然觉得没必要写PD的使用指南。因为你如果没买他们家软件,根本不用看这份推文;你要是买了,会有技术工程师上门服务,专门给你安装配置以及培训。最主要的是,我自己基本用不到这款软件(除了格式转化)。所以我后来干脆贴一个文件,用得着的朋友自行下载。
2.安装与配置

PD安装手册:
链接: 提取码: mzhp
3.分析流程

懒得写了,直接贴文档:
PD使用指南:
链接: 提取码: x2ak

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