【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant

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所属分类:生物信息学

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2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt上,protocol也相应发表在nature protocols上。不足五年,MQ的引用率已高达上万次,其中不乏CNS级别文章(有大佬的加持果然不一样)。毫不夸张地说,MaxQuant是业界良心,它的横空出世沉重地打击了深恶痛绝的质谱厂商们的嚣张气焰。
主要特点:
支持多种质谱仪厂商产生原始数据,如raw/wiff;
免费不开源,基于Andromeda搜索引擎;;
支持标记定量和非标定量,如labelfree(优势)/ICAT/SILAC/TMT/iTRAQ等;
蛋白鉴定数多,定量准确性高(主要是因为非线性质量校正和Match Between Runs);
有较完整的结果查看和分析界面;
主要部署在Windows系统(Linux需要mono,MacOS需借助Parallels或Bootcamp);
有配套的结果后处理软件Perseus。
2.下载安装
官网:
MQ的下载需要用邮箱注册,并填写注册码。
依赖.NET Framework(基于.net框架编写,有些没安装的电脑需要安装) 和MSFileReader(识别质谱raw文件)。
解压后无需安装,点击MaxQuant.exe即可使用。
3.配置与运行
MaxQuant使用很简单,参数界面设置也不像PD那么凌乱。

6大参数配置模块,我这里只选一些重要的参数,大部分默认就好:
Raw files:导入原始数据和设计实验,包括组分和样本,Group(指不同的实验,如label/SILAC同时进行即为2个Group0和Group1,一般跑一个就好);
Group-specific parameters:Group参数的设置,一般只是Group0;
Global parameters:全局参数配置;
Performance:显示正在运行的具体步骤和动态;
Viewer:数据可视化模块, 能在labelfree定量中呈现三维图形。我认为没啥用,无需设置,拖慢速度;
Andromeda configuration:用于配置修饰、酶,以及数据库ID规则设置等,一般无额外需求,无需设置。
所以,实际需要配置的就是前面三项,我这里以Labelfree定量为例,写下Group-specific parameters和Global parameters中一些重要的参数:

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