扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性

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所属分类:生物信息学

图2. 箱线图展示细菌群体的Alpha多样性。四个箱体分别代表根际土(Rhizosphere soil)、根内生菌(Root endosphere)、茎内生菌(Stem endosphere)、叶内生菌(Leaf endosphere)。
- (A) 采用Observed OTUs方法估计OTU丰富度(richess),即有多少物种;
- (B) 采用Pielou方法估算OTU的均匀度(evenness),即各OTU相对丰度间关系;是一种常见enenness指数算法,计算方法是将Shannon-Wiener熵除以OTU数量的自然对数;一般生态学领域比较关注,功能研究者更关注最终的差异OTU;
- (C) 使用反向Simpson指数计算多样性(diversity),是mothor中的方法,来自dominance指数的变形,而dominance计算为每个OTU比例平方再求合,与shannon的方法类似,原理是想用一个数代表整体群体中每个OTU的数量和丰度信息(richness和evenness),我更常用Shannon方法;
- 差异分析:整体上使用ANOVA统计,存在显著差异,P 0.0001;图中字母代表组间组间Turkey两两比较的结果,相同字母的箱体代表组间无显著差异,而不同字母组间存在显著差异;有时会出现同一组出现2个字母的情况,是一种过渡状态,与这两个组均无显著差异。
- 图片优点:(A) Observed OTU数量展示使用了截断图,因为根际土中微生物数量是非常大的,而内生菌种类很少,使用截断图减少图中留白更加美观;不同种组织的颜色选用与实物相近,使人产生亲切感(根深棕,茎浅绿和叶深绿);
- 图片解读:根际土中细菌近千种;根中内生只有2-3百种(也有可能根没洗干净,技术上不容易区分根表还是根内);茎和叶百种左右(其中部分也可能只是来自于表面或污染);此外结果的排列给人传达了由外到内,由上到下有特种数量下降的趋势;

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