扩增子图表解读6韦恩图:比较组间共有和特有OTU或分类单元

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所属分类:生物信息学

韦图绘制工具
常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改。此外还有非常多的在线工具,使用方便。
 
韦恩图在扩增子中用途
展示各样品和组间共有、各组特有的OTU;由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少。
展示各组间差异OTU共有或特有情况;较常用。
展示差异OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有情况;当在OTU水平重叠结果不好,可按分类学级别逐级向上找规律。
 
看图实战(Result)
 
示例1. 差异OTU共有或特有

这篇文章分析了水稻根不同区域的细菌组成,16S分析文章较系统的作品,两年被引用147次,推荐阅读

图2.B/C 韦恩图展示根不同区域富集或下降的OTU的共有和特有情况
1. 图中元素解释
- 图顶部Enriched或Depleted标签代表OTU的类型,分别代表OTU是显著富集/上调,还是显著消减/下调;
- 两图中间图注颜色,紫、绿和蓝分别代表根际、根表和根内;
- 图中非重叠部分为每个组特有,图中重叠部分为重叠各组共有,并将数字标示在该范围内;如B中仅蓝绿重叠区的175代表仅在这两者在共有的OTU数量;而中间的96代表在三组中均共有的OTU。
2. 图表结果:图中显示根际、根表和根内,无论富集还是消减类型中大部分为共有的OTU;这一结果表明,根系微生物组的形成过程,可能是由根际、根表和根内逐步建立起来。
3. 经验和技巧:合适的颜色和透明度选择很重要;可以将各种标签也添加对应颜色更容易区分各组;多韦恩图并排,有利于进一步的比较和规律发现
 
示例2. 韦恩图比较共有细菌科
 

这篇文章是Dangl组2015年Science,是最早植物人工重组菌群的文章,研究了植物水杨酸对微生物组的影响,开山之作值得阅读

- 图1. 植物防御激素突变体改变根细菌群体。 D. 上图展示三种水杨酸(SA)下调突变体sid2, pad4和双突DEPS三种材料中差异科水平共有和特有情况。左图为共同富集的科、右图和共同下调的科;
- 图表结果:表明三种突变体在科水平上对细菌群体的调控规律的一致性较好,也进一步证明这些差异科的真实性;
- 作图经验:分类学上分为界、门、纲、目、科、属、种,还有人为定义的OTU,到底在那一层面进行Venn图比较。选择的原则是先用OTU,如果没有发现很好重叠,很可能是在更高级别分类水平的功能重叠,从底层属向上尝试。本研究是找到科水平有较好一致结果

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