Review:Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

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所属分类:生物信息学

 
微生物群是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物群包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方面非常重要。近义词Microbiome微生物组即包括微生物,又包括其基因组
 
Metagenomics 宏基因组
 
宏基因是指直接研究环境样品作为遗传学材料。广义来説其包括环境基因组、生态基因组学和群体基因组学。传统的微生物学和微生物基因测序依赖于单克隆的培养,早期环境基因测序克隆16s rRNA基因等特定基因来确定自然样品中的生物多样性。此方法将会漏掉大量末被培养的微生物多样性。最近研究采用鸟枪法或PCR直接测序方法来获得样品群体中所有成员无偏好的基因。因为这类方法可以展现从前无法发现的微生物多样性,因此宏基因组方法提供了革命性的工具去理解我们整个生活的世界。随着测序价格的下降,宏基因组允许微生物生态研究比之前更大的尺度和更多细节
 
Microbiome 微生物组
 
WiKi认为其与Microbiota同义,均为Microbiota词条。但其实这两个词区别还是很有的,看下图。
 
下面这篇Nature的Review,用图形的方法对这三个词进行了定义和描述,让我们来学习一下:

图1. 本综述中对微生物群、宏基因组和微生物组的定义。
每张图代表的是相同的群体,然而不同的方法可以定义此群体可提供的不同信息。
 
a. 微生物群:采用16S rRNA研究方法鉴定此环境中微生物的种类。
b. 宏基因组:微生物群的基因和基因组,包括质粒、强调群体的遗传学潜能。
c. 微生物组:微生物群的基因和基因组,以及微生物群的产物与宿主环境。

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