转录组入门(2):读文章拿到测序数据

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所属分类:生物信息学

lne是perl的参数,效果是:
perl接收你的键盘输入(用后面的代码)处理后,输出一个换行,然后等待接收下一个输入
perl -lne '$id=substr($_,0,6);print "axel ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/$id/$_/$_.sra"' SRR_Acc_List.txt sra_down.sh
bash sra_down.sh
ls *.sra|while read id;do(fastq-dump --split-3 $id);done
chmod u-w *

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