转录组入门(1):安装软件

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所属分类:生物信息学

HISAT
wget ftp://unzip hisat2-2.1.0-source.zipcd hisat2-2.1.0make  # 在此之前要安装g++和gcc,用sudo apt install 安装rm -f *.h *.cpp
samtools
wget tar xvfj samtools-1.5.tar.bz2cd samtools-1.5./configure  # 根据configure检测,安装系统依赖的模块,直到没有报错make sudo make install 
HTSeq
# 安装依赖sudo apt-get install python-pippip install --upgrade pipsudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseqpip install HTSeq

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