转录组入门(3):了解fastq测序数据

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所属分类:生物信息学

--split-3
也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略。如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开。如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分。可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了。
 
--gzip
输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件。多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个tar文件,然后再使用gzip进行压缩,最后生成的.tar.gz或者.tgz文件就是所谓的“tar压缩包”或者“tarball”)
 
--bzip2
输出文件压缩成bzip2格式(bzip2比传统的gzip或者ZIP的压缩效率更高,但是它的压缩速度较慢)
 

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