转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释

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所属分类:生物信息学

grep -w 'gene' gencode.v26lift37.annotation.gtf | grep -w 'TP53' | cut -f 1,4,5 gene.bed
grep -w 'gene' gencode.v26lift37.annotation.gtf | grep -w 'KRAS' | cut -f 1,4,5 gene.bed
grep -w 'gene' gencode.v26lift37.annotation.gtf | grep -w 'EGFR' | cut -f 1,4,5 gene.bed
~/biosoft/bedtools2/bin/bedtools igv -i gene.bed Bach_sanpshot.txt

grep是一个多用途的文本搜索工具,linux中使用非常频繁,并且使用很灵活,可以是变量,也可以是字符串。最基本的用法有以下两种:
1.搜索内容中无空格,可以直接执行grep命令,比如:grep pass a.txt,表示在a.txt文件中搜索pass所在的行
2.如果搜索内容中有空格,则需要使用单引号或者双引号把搜索内容引起来,比如:grep "hello all" a.txt或者grep 'hello all' a.txt,如果不加单双引号,则提示错误,无法识别,因为不加引号,直接grep hello all a.txt,表示在all和a.txt中搜索hello,这肯定是不对的

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