扩增子分析解读6进化树 Alpha Beta多样性

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所属分类:生物信息学

# CSS标准化OTU表
normalize_table.py -i result/otu_table4.biom -o temp/otu_table_css.biom -a CSS
# 转换标准化OTU表为文本,用于后期绘图
biom convert -i temp/otu_table_css.biom -o result/otu_table_css.txt --table-type="OTU table" --to-tsv
# 删除表格多余信息,方便R读取
sed -i '/# Const/d;s/#OTU //g;s/ID.//g' result/otu_table_css.txt
# 计算Beta多样性
beta_diversity.py -i temp/otu_table_css.biom -o result/beta/ -t result/rep_seqs.tree -m bray_curtis,weighted_unifrac,unweighted_unifrac
# Beta多样性距离文件整理,方便R读取
sed -i 's/^\t//g' result/beta/*

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