NGS数据格式介绍

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所属分类:生物信息学

一般情况下,从Illumina平台上得到的测序,其数据格式是Fastq格式,可以称之为原始数据(Raw data)。事实上直接的下机数据是显微拍摄得到的图像信息。但是一般都会用Bcl2Fastq软件将图像信息转化成Fastq文件。
 
如果测序是SE:则只有一个fastq文件,如果是PE测序,则得到两个Fastq文件。
PE的数据特点有:
(1)两个Fastq文件中分别包含数据1和2,来区分前后端;
(2)这2个文件的行数必须一致;
(3)相同的行上的数据来自同一条DNA片段双末端的测序数据;
(4)Fastq以每4行为一个单位,表示一条reads的信息。

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