全面、可靠的超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)收录,可同时检测SE-lncRNA和靶基因mRNA

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所属分类:生物信息学

1. SE-lncRNA芯片收录策略

l lncRNA信息来自Arraystar公司专有的高质量的转录组与lncRNA数据库

           - 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA

           - 收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA

           - 收集了权威期刊上新出现的lncRNA

超级增强子区域信息来自dbSUPER数据库Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA

全面、可靠的超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)收录,可同时检测SE-lncRNA和靶基因mRNA

图1.Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图。

2. SE-lncRNA芯片Database

芯片

Arraystar人 SE-lncRNA Microarray

Arraystar小鼠 SE-lncRNA Microarray

探针总数

14873

14637

探针长度

60 nt

60 nt

探针特异性

转录本特异性探针,针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计

转录本特异性探针,针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计

SE-lncRNAs& Super-lncRNAs

检测数目

7753

8222

SE-lncRNAs靶基因检测数目

7040

6385

SE-lncRNAs来源

- 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。

- 从文献收集增强子lncRNA,若该增强子位于超级增强子区,则被认为是SE-lncRNA。

从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。

Super-lncRNAs来源

Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA,可招募调控因子至超级增强子区,从而影响染色体结构,并作为空间放大器,促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。

-

SE-lncRNAs靶基因来源

与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。

与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。

全面、可靠的超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)收录,可同时检测SE-lncRNA和靶基因mRNA

图2.Arraystar公司Human SE-lncRNA芯片内容。

全面、可靠的超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)收录,可同时检测SE-lncRNA和靶基因mRNA

图3.Arraystar公司Mouse SE-lncRNA芯片内容。

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