bwa和samtools的安装

  • A+
所属分类:生物信息学

BWA的安装
1.下载BWA
wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./
2.解压
tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2
3.编译

cd bwa-0.5.9rc1
make

Samtool安裝
1.下载Samtool
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2/download ./
2.解压Samtool
tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2
3.安装

cd samtools-0.1.13
make

之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH

cd
vi .bash_profile

在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径,保存退出。

重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了

祝你好运!

  • 蛋白质组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin
  • 代谢组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: