BLAST+的使用

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所属分类:生物信息学

BLAST+与BLAST相比,有很多改进和提高,NCBI强烈推荐放弃BLAST,使用BLAST+, 这里说的BLAST和BLAST+,都是本地的。BLAST下载地址:NCBI BLAST+ (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/) 。

BLAST+的一般用法如下:

格式化数据库

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

参数说明:

-in:待格式化的序列文件

-dbtype:数据库类型,prot或nucl

-out:数据库名

蛋白序列比对蛋白数据库(blastp)

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数说明:

-query: 输入文件路径及文件名

-out:输出文件路径及文件名

-db:格式化了的数据库路径及数据库名

-outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST的m8格式

-evalue:设置输出结果的e-value值

-num_descriptions:tabular格式输出结果的条数

-num_threads:线程数

核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx)

与上面的blastp用法类似:

blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

以上的参数说明只是一些常用的参数,完整的参数说明可以用-help查询。

 

转载自:有个博客 [ http://www.yelinsky.com/blog/ ]

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