基因数据库下载

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所属分类:生物信息学

下面是Ensembl上的基因数据库下载,主要是哺乳动物,包括基因组序列,核酸序列,蛋白序列,及这些序列在EMBL和NCBI上的注释,还有提供的MYSQL数据库文件,并对物种名称做了一下简单的翻译,方便查找。如果要查找更详细的情况,可以直接上EMBL的网站。

TranslateSpeciesDNAcDNAncRNAProtein sequenceAnnotated sequence (EMBL)Annotated sequence (GenBank)Gene setsHuman
Homo sapiens  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  小鼠Mouse
Mus musculus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  斑马鱼Zebrafish
Danio rerio  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  羊驼Alpaca
Vicugna pacos  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  变色龙Anole lizard
Anolis carolinensis  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  穿山甲Armadillo
Dasypus novemcinctus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  丛猴Bushbaby
Otolemur garnettii  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  玻璃海鞘C.intestinalis
Ciona intestinalis  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  萨氏海鞘C.savignyi
Ciona savignyi  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  线虫Caenorhabditis elegans
Caenorhabditis elegans  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  猫Cat
Felis catus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  鸡Chicken
Gallus gallus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  黑猩猩Chimpanzee
Pan troglodytes  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  中国鳖Chinese softshell turtle
Pelodiscus sinensis  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  鳕鱼Cod
Gadus morhua  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  腔棘鱼Coelacanth
Latimeria chalumnae  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  奶牛Cow
Bos taurus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  狗Dog
Canis lupus familiaris  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  海豚Dolphin
Tursiops truncatus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  象Elephant
Loxodonta africana  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  雪貂Ferret
Mustela putorius furo  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  果蝇Fruitfly
Drosophila melanogaster  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  河豚Fugu
Takifugu rubripes  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  长臂猿Gibbon
Nomascus leucogenys  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  大猩猩Gorilla
Gorilla gorilla gorilla  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  豚鼠Guinea Pig
Cavia porcellus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  刺猬Hedgehog
Erinaceus europaeus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  马Horse
Equus caballus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  蹄兔Hyrax
Procavia capensis  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  长鼻袋鼠Kangaroo rat
Dipodomys ordii  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  七鳃鳗Lamprey
Petromyzon marinus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  小刺猬猬Lesser hedgehog tenrec
Echinops telfairi  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  猕猴Macaque
Macaca mulatta  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  狨猴Marmoset
Callithrix jacchus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  青鳉Medaka
Oryzias latipes  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  狐蝠科Megabat
Pteropus vampyrus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  蝙蝠Microbat
Myotis lucifugus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  鼠狐猴Mouse Lemur
Microcebus murinus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  负鼠Opossum
Monodelphis domestica  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  猩猩Orangutan
Pongo abelii  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  熊猫Panda
Ailuropoda melanoleuca  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  猪Pig
Sus scrofa  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  鼠兔Pika
Ochotona princeps  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  剑尾鱼Platyfish
Xiphophorus maculatus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  鸭嘴兽Platypus
Ornithorhynchus anatinus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  兔Rabbit
Oryctolagus cuniculus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  大鼠Rat
Rattus norvegicus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  鼩鼱Shrew
Sorex araneus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  树懒Sloth
Choloepus hoffmanni  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  松鼠Squirrel
Ictidomys tridecemlineatus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  棘鱼Stickleback
Gasterosteus aculeatus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  眼镜猴Tarsier
Tarsius syrichta  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  袋獾Tasmanian devil
Sarcophilus harrisii  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  鲀Tetraodon
Tetraodon nigroviridis  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  罗非鱼Tilapia
Oreochromis niloticus  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  树鼩Tree Shrew
Tupaia belangeri  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  火鸡Turkey
Meleagris gallopavo  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  袋鼠Wallaby
Macropus eugenii  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  非洲爪蟾蜍Xenopus
Xenopus tropicalis  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  斑胸草雀Zebra Finch
Taeniopygia guttata  FASTA    FASTA    FASTA    FASTA    EMBL    GenBank    GTF  

原文来自:http://bioinformation.cn/?p=279

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