illumina SNP 芯片的CNV和LOH的分析

  • A+
所属分类:生物信息学

Illumina全基因组SNP芯片不仅可以call snp,还可以call CNV和LOH等结构性的变异。对于结构性变异的鉴定是通过BAF和logRratio来计算。CNV和LOH的区别在于CNV中logRratio 会变化,而LOH中不会。

常用的软件有:CNVpartition;QuantiSNP;PennCNV;dChip;illumina官网还提供了其余一些方法,可是都是商业软件,需要购买。而上面几个是免费的。

  • 蛋白质组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin
  • 代谢组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: