Phd2Fasta

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所属分类:生物信息学

简介

Phd2fasta 是 phred\phrap 软件包的一部分,phred\phrap 软件包由华盛顿大学分子生物技 术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发,主要用于学术科研活动。Phd2fasta 将 phred 产生 的 phd 文件转换为 fasta 格式的核酸和质量文件,便于 crossmatch 和 phrap 程序应用。

下载

该软件包 可以从 phrap 的的网站申请,申请通过后邮件发送,申请链接 :

http://www.phrap.org/consed/consed.html#howToGet

安装

1、上传 phd2fasta 的压缩包到本地 linux/unix 运算服务器;

2、解压缩:

gzip –d phd2fasta-acd-dist.tar.gz tar –xvf phd2fasta-acd-dist.tar

3、编译源程序:

在命令行键入 make,编译完成后,可将执行文件 phd2fasta 拷到统一的可执行程序目录, 如:/usr/local/genome/bin 下面,源文件包可删除。

编译成功无提示信息。

使用

程序运行命令行:

phd2fasta –id phd_dir –os out.fas –oq

直接键入 phd2fasta 的屏幕提示:

no input files specified no output file specified

使用帮助可通过命令 phd2fasta -h 获取:

Phd2Fasta

输入

此程序的输入文件为 Phred 产生的 phd 文件:

Phd2Fasta

输出

此程序运行无屏幕输出,结果为 fasta 格式的序列和质量文件。

序列文件:

Phd2Fasta

质量文件:

Phd2Fasta

参数

详细的参数说明可以通过键入phd2fasta –doc查看:

Input Options--------------id <directory name>读取目录中的的文件做为输入文件-if <file name>读取文件列表中的文件做为输入文件-is读取标准输入做为输入文件-ix <file name>读取不需运行的文件列表Output Options---------------os <file name>输出 FASTA 序列到文件.-oq <file name>输出 FASTA 序列的质量到文件-ob <file name>输出序列碱基位置信息到文件-oe <file name>将 phd 文件中的编辑信息提取到文件中-of <file name>phd2fasta 处理失败的文件写入日志文件Processing Options-------------------mask <type>用 x 屏蔽序列中的载体-halt如有错误则停止继续运行程序Misc-verbose显示进程信息-V显示 phd2fasta 版本-h, -help显示命令行参数列表-doc显示详细的帮助文档

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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