GBrowse安装记录

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所属分类:生物信息学

安装步骤

perl、mysql安装略过apache安装
[shell]
% cd httpd-2.x.xx
% ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm=prefork
% make && make install
[/shell]libgd2的安装
[shell]
wget http://www.libgd.org/releases/gd-2.0.35.tar.gz
tar zxvf gd-2.0.35.tar.gz
cd gd-2.0.35
./configure
sudo make install
[/shell]mod_perl安装
[shell]
wget http://perl.apache.org/dist/mod_perl-2.0-current.tar.gz
tar zxvf mod_perl-2.0-current.tar.gz
cd mod_perl-2.0-current
perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX="$HOME/httpd-2.2" MP_AP_CONFIGURE="--with-mpm=prefork"
make
make test
make install
[/shell]必须的Perl libraries安装
[shell]
sudo perl -MCPAN -e 'install Module::Build'
sudo perl -MCPAN -e'install GD'
sudo perl -MCPAN -e'install JSON'
sudo perl -MCPAN -e'install LWP'
sudo perl -MCPAN -e'install Storable'
sudo perl -MCPAN -e'install IO::String'
sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'
sudo perl -MCPAN -e'install File::Temp'
sudo perl -MCPAN -e'install Digest::MD5'
sudo perl -MCPAN -e'install CGI::Session'
sudo perl -MCPAN -e'install Statistics::Descriptive'
sudo perl -MCPAN -e'install GD::SVG'
sudo perl -MCPAN -e'install DBI'
sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql'
sudo perl -MCPAN -e'install DBD::Pg'
sudo perl -MCPAN -e'install DB_File::Lock'
sudo perl -MCPAN -e'install File::NFSLock'
sudo perl -MCPAN -e'install Template'
sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Root::Version'
sudo perl -MCPAN -e'install Date::Parse'
sudo perl -MCPAN -e'install Capture::Tiny'
sudo perl -MCPAN -e'install Test::Most
sudo perl -MCPAN -e'install Bio::ASN1::EntrezGene
sudo perl -MCPAN -e'install DBD::mysql
sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Perl'
sudo perl -MCPAN -e'install Bio::Graphics'
[/shell]

如果安装失败,下载源代码进行安装,比如对于bioperl的安装:
[shell]
wget --no-check-certificate \
http://github.com/bioperl/bioperl-live/tarball/master -O bioperl.tar.gz
tar zxvf bioperl.tar.gz
cd bioperl-bioperl*
perl Build.PL
sudo ./Build install
[/shell]GBrowse的安装
[shell]
svn co https://gmod.svn.sourceforge.net/svnroot/gmod/Generic-Genome-Browser/trunk Generic-Genome-Browser
cd Generic-Genome-Browser
[/shell]
===编译===
[shell]
perl Build.PL \
--cgibin=$HOME/httpd/cgi-bin/gbrowse2 \
--conf=$HOME/httpd/conf/gbrowse2 \
--htdocs=$HOME/httpd/htdocs/gbrowse2 \
--tmp=$HOME/httpd/tmp \
--portdemo=8080 \
--wwwuser=daemon

./Build test
[/shell]
有些测试用例没有通过,但是并不影响对于GBrowse的使用
===安装配置===
计划好安装目录,可以通过该参数进行配置,
[shell]
./Build config
[/shell]
如果需要重新配置,需要
[shell]
./Build reconfig
./Build demo
./Build install
[/shell]

有关权限需要说明的

安装配置需要指明httpd进程的用户,这样使得指定的目录比如数据库文件目录,临时文件目录,Session文件目录具有相应的权限对于配置文件的修改权限,安装时,因为需要向Perl库写入文件,所以需要使用root进行安装,许多文件都是root级别的,需要做相应的修改chown,chmode对于perl模块的安装都是使用root,将其安装到用户的目录,尝试了,但是还没有完全领会页面访问,发生内部错误,通过勘查error.log文件,可以找到错误的确切原因,给予解决

安装感受

需要的Perl模块,可以使用CPAN进行安装sudo perl -MCPAN -e shell, install **,但是如果失败的话,一定要按照该模块的说明进行手工安装,大部分原因是需要第三方库;perl的模块都可以在  http://search.cpan.org搜索得到;按部就班,将所有需要的模块进行安装,然后就是配置./Build reconfig;这时候还出错的话,就是配置文件出问题了,需要修改GBrowse.conf, 最后遇到的问题就是报告错误。

来源:http://boyun.sh.cn/bio/?p=1783

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