Circos在windows环境下运行的详细教程

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所属分类:生物信息学

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################### 一、下载安装circos及perl ####################

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1. 安装Perl

运行circos需要Perl来编译其各种code,unix环境默认安装Perl的,而对于windows用户来说,需要自己安装,也可以通过Perl –v 确认是否已安装。可以安装 Strawberry Perl或者ActiveState Perl都可以通过CPAN shell来安装模块。(模块安装见第二步)

2、circos安装和运行

1)下载安装文件:在 http://www.circos.ca/software/download/circos 页面下载circos安装文件。比如Circos-0.66.tgz. 把此压缩文件解压,放到我们想安装的地方,比如C:\Circos-0.66,里面所对应的文件如下:

circos-0.66CHANGESREADMETODObin/etc/fonts/lib/tiles/tools/

2)下载tutorials

在http://www.circos.ca/software/download/tutorials 页面下载 circos tutorial文件,比如circos-tutorials-0.66.tgz , 将其解压,把所有文件放到C:\Cicos-0.66下。

data/tutorials/

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################### 二、配置Perl module 模块 ####################

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1、安装Perl modules:运行Perl 需要将以下modules都安装起来

Config::General (v2.50 or later)Font::TTFGDList::MoreUtilsMath::BezierMath::RoundMath::VecStatParams::ValidateReadonlyRegexp::CommonSet::IntSpan (v1.16 or later)Text::Format

2、安装module方法:(以GD module为例)

①将这些module下载:网址:http://search.cpan.org/

②解压到perl安装目录下的lib目录中;

③打开cmd;进入当前lib文件夹下的module文件夹:cd C:\perl\lib\GD

④再输入:perl Makefile.PL

⑤再输入:dmake

⑥再输入:dmake test

⑦再输入:dmake install

接下来的其他module按类似的步骤,全部配置好,防止将来跑程序出错。

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################### 三、运行circos提供的例子 ####################

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1、进入example目录:cd C:\circos-0.66\example

2、调试第一个例子:perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf

3、调试第二个例子:perl ..\bin\circos -conf ..\tutorials\2\2\circos.conf

4、调试第三个例子:跑这个程序之前得在example目录新建一个目录new_output,再输入以下代码

perl ..\bin\circos -conf ..\tutorials\2\2\circos.conf -outputdir .\new_output -outputfile tutorial_image.png

 

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