cnvnator安装及使用方法简介

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所属分类:生物信息学

1、安装gcc

推荐yum安装,自己寻找依存关系,版本当在4.8以上。

2、安装root

a、下载root_v6.03.04.source.tar.gz

yum install git make gcc-c++ gcc binutils libX11-devel libXpm-devel libXft-devel libXext-devel
 yum install gcc-gfortran openssl-devel pcre-devel mesa-libGL-devel glew-devel ftgl-devel mysql-devel fftw-devel cfitsio-devel graphviz-devel avahi-compat-libdns_sd-devel libldap-dev python-devel libxml2-devel gsl-static

b、cd root-6.03.04

./configure
 make
 source bin/thisroot.sh
 root
 报错:*** DISPLAY not set, setting it to 192.168.1.xx:0.0
 执行:export DISPLAY=:0.0

3、安装CNVnator

下载CNVnator_v0.3.zip
 unzip CNVnator_v0.3.zip
 cd ./CNVnator_v0.3/src/samtools
 #编译samtools之前一定要确定安装 ncurses*
 yum -y install ncurses*
 make
 cd ..
 vi Makefile
 ##修改里面改为ROOTFLAGS = -m64 -std=c++11 -pthread
 ##将-lCint去掉
 make

4、使用方法

/soft/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -genome ./hg37.fa -root 2.root -chrom 1 2 3 -tree aln-pe.sam
 /soft/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -genome ./hg37.fa -root 2.root -chrom 1 2 3 -d ../hg37/ -his 100
 /soft/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -genome ./hg37.fa -root 2.root -chrom 1 2 3 -stat 100
 /soft/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -genome ./hg37.fa -root 2.root -chrom 1 2 3 -partition 100
 /soft/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -genome ./hg37.fa -root 2.root -chrom 1 2 3 -call 100 > cnvout.txt
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