GEO数据库简介

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所属分类:生物信息学

为了支持公共使用和散布基因表达数据,NCBI开始了基因表达汇编(GEO)计划。GEO是努力建立一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。来自microarray,高密度寡核苷酸array(HAD),杂交膜(filter)和SAGE的许多类型的基因表达数据都被接受,登记,和存档,作为一个公共数据集合。一系列预先计算的数据的定义和描述,以及用于交互检索和分析这些表达数据的在线工具即将放入。

一个GEO仓库概念图解的顶层视图显示四个基本实体:提交者,平台,系列和样本。

提交者:提交者的联系和登录信息。

同许多平台,许多样本和许多系列有关系。

平台:关于用于以高通量方式检查样本的物理试剂的信息。

同一个提交者,许多样本有关。

样本:关于被检查的mRNA样本,实验条件,和实验产生的基因表达测量数据信息。

同一个提交者,一个平台和许多系列有关。

系列:样本收集,样本是如何相关的,如何排序的,分析是如何进行的,和聚类数据是如何获得的信息。

同一个提交者,许多样本有关。

FAQ:

我如何提交我的数据?

  为了提交数据,你需要同我们建立你的身份,用登录用户和密码。第一次你登录时,我们将问你联系方式,这些将在别的用户使用你的数据是被检索出来。这些信息仅需要填写一次。你只有在提交数据的时候才登录,检索数据不用登录。在试图提交数据以前,请仔细阅读GEO提交指南。

GEO是否提供“一定日期前保留”服务?

  是的。这个特点允许一个提交者提交数据给GEO,并且在数据公布前得到一个GEO登记号。

GEO将接受什么样的数据?

  GEO设计成围绕目前常用的大多数高通量和并行基因表达测量技术的特点。这些技术是杂交膜,microarray,高密度寡核苷酸array,和SAGE。但是,事实上,任何的数据只要达到提交的要求都会被接受。GEO实体的分条描述和它们的数据字段给出了更多的信息。

GEO是否存档未加工的数据图?

  不。然而,一个参考图将被可选的接受(以JEPG形式,低于一定的大小)。同x,y坐标可选的参考一起,这个图可以提供给数据的查询者一个对数据定性的评估。

有没有任何GEO 要求的QA(质检)测量?

  目前没有。这个要求将在将来被加入。

我如何加入QA测量到GEO中去?

  QA测量目前是可选的。如果在图像分析阶段进行了QA测量,这些可以被存储在另外的样本数据表栏中。

我如何提交重复实验到GEO?

  你必须提交样本数据,然后用提交一系列类型为“重复样本组”关联这些样本。这个在这些样本之间的关联将显示什么时候任一样本被一个查询检索了。Microarray上同一点的重复测量可以在样本数据表的增加栏里出现。

我如何能过提交更正?

  如果数据重提交或更正时必须的,请同geo@ncbi.nlm.nih.gov联系。

马上要有的……对一个已经存在的和有效的GEO登录号的数据的重提交(要有恰当的提交者的认证)将引起那些数据元素新的版本被创立。所有各种数据元素的版本都将永远保留被检索。

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