16个最好的蛋白质研究数据库

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所属分类:生物信息学

哪些蛋白质数据库最受研究者欢迎?GEN网站罗列出16个,包括BioGRID, DDBJ, ExPasy, Gepasi, IntAct, KEGG, MINT, MS-Fit, NCBI, STRING, Uniprot等,详细列表请见如下内容。

BioGRID数据库于2003年建立,是一个有关于蛋白质—蛋白质以及基因相互作用的数据库。

DDBJ数据库,于1984年建立,是世界三大DNA 数据库之一,与NCBI的GenBank,EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库,每日都交换更新数据和信息。

Database of Interacting Proteins是一个记录了实验确定的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。这个数据库意图为科学社区提供浏览并高效地提取有关生物过程中蛋白质相互作用和相互作用网络信息的一个全面且整合的工具。除了编目蛋白质-蛋白质相互作用细节外,DIP对于理解蛋白质功能和蛋白质-蛋白质关系,研究相互作用蛋白质网络的属性,基准测试蛋白质-蛋白质相互作用的预测,及研究蛋白质-蛋白质相互作用的进化都是有用的。

ExPasy数据库收集大量的信息,为生物学家提供一系列的工具和链接来解决信息时代的困惑。

Gepasi数据库是一个有关于生物化学系统的建模软件。它模拟了生化反应的动力学系统,提供了模型数据的许多工具,用以执行代谢控制分析和线性稳定性分析。

IntAct数据库为分子间相互作用提供了一个免费的、有开源数据库的分析工具。

KEGG数据库是一个理解生物系统的高级功能和实用程序资源库。

MINT是一个有关于分子相互作用的数据库。数据来源主要是有关验证蛋白质-蛋白质之间关系的科学文献。

MS-Fit

Prefixes Nano Pico Software

NCBI美国国立生物技术信息中心,为科学发展和健康提供生物医学和基因组方面的信息。STRING

SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库,由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。

geneXplain

Uniprot数据库为科研团体提供综合、高质量的蛋白质序列和功能信息。

Worldwide Protein Data Bank

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