如何用 MEGA 构建进化树?

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所属分类:生物信息学

今天教大家如何用 MEGA 构建进化树

一、序列比对

常见算法:Muscle、ClustalW

1、打开 MEGA 软件,这里以 7.0 版为例,依次按照箭头方向进行选择

2、序列比对

经以上步骤后弹出新的对话框:M7:Alignment Explorer

若没有显示我们的目标 fasta 文件,请注意修改这里的文件后缀名称

3、打开后的 species.fasta 文件

注意:重点来啦!

4、然后呢?然后就比对好了,查看一下首位是否比对齐,没有比齐的碱基就删除掉

5、最后,将比对好序列文件进行保存就好了,此处保存为 mega format,文件名为 species

二、构建进化树

常见算法:Neighbor-Joining、Maximum Likelihood

点击 Phylogeny 构建进化树,可以看出构建进化树的方法也有好多种,此处我们选择相对常用的 NJ 方法

就这么简单,树就构好了,感觉幸福来得太突然!

通过工具栏可以对树的形状进行调整

记得把树的文本文件也保存了,这里保存为 Newick 格式

点击上一步的 export 以后,又出现下面的窗口,继续保存

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