心得分享:如何查找特定基因序列

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所属分类:生物信息学

如何查找特定基因序列的心得与大家共享,下面以小鼠EDNRB基因为例子说明:

1. 查找一个基因的启动子之前,最好是要对这个基因做一个初步的了解

注意:在research下面选择 Gene 在for后面输入ednrb

2. 这个是查找结果,由于很多哺乳类动物都有该基因,查找结果显示了很多五种的ednrb基因,我们选择其中的Mus musculus 这个是我们要找的小鼠种类,请大家正确选择自己目标基因的动物种类,Rattus norvegicus是大鼠的学名,Mus musculus是小鼠的学名,由于我的目标是小数的ednrb基因,故选择Mus musculus。

3: 对Official Symbol Ednrb and Name: endothelin receptor type B [Mus musculus]

Other Aliases: AU022549, ET-B, ET>B<, ETb, Sox10m1, s

Other Designations: piebald

Chromosome: 14; Location: 14 51.0 cM

Annotation: Chromosome 14, NC_000080.5 (104213843..104242913, complement)

GeneID: 13618

解释:Official Symbol Ednrb and Name 这个是官方对这个基因的全称,也就是内皮素受体B 这个是该基因编码的蛋白质名称

Other Aliases 该基因的别名

Chromosome: 14; Location: 14 51.0 cM 说明该基因位于第14条染色体上面

Annotation: Chromosome 14, NC_000080.5 (104213843..104242913, complement)

GeneID: 13618

这个说明基因的碱基分布是104213843到104242913.

4. 该基因的具体信息

5. 以上部分是找到对该基因的基本信息,在最下面Reference assembly (C57BL/6J)上面找到基因具体序列的链接,点击其中的GenBank, ednrb基因碱基的排列就出来了,这里说明 一下,genbank上面给的序列都是与相应mRNA互补的序列,也就是模板链的序列,也就是-(minus strand) 上面的C57BL/6J是得出该序列的小

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