SBC定制芯片应用案例

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所属分类:生物信息学

在生命科学的不同研究中,需要观察的基因并不完全相同,因此许多研究者往往需要针对自己感兴趣的一些基因进行表达分析。定制芯片服务的目的,就在于满足不同研究者的需要。另外,有些物种尚没有商品化的基因芯片可以提供,也需要通过定制芯片来制备。

2011年SBC客户发表的定制芯片文章举例

应用案例1:表达谱芯片研究低氧浓度增强腺苷酸合成的分子机制
      Yu WB, Gao SH, Yin CY, Zhou Y, Ye BC. Comparative Transcriptome Analysis of Bacillus subtilis Responding to Dissolved Oxygen in Adenosine Fermentation. PLoS One. 2011;6(5):e20092. (影响因子4.411)
      物种:枯草杆菌
      案例介绍:溶解氧是腺苷酸生成过程中的关键因子。前期的研究表明,在生长过程中,较低浓度的溶解氧能增加腺苷酸的产量。在这篇文章中,研究者利用基因芯片等技术手段在转录组水平上系统地研究了溶解氧浓度影响腺苷酸产量的分子机制。该基因芯片利用Agilent的eArray芯片定制系统合成,涵盖4106个枯草杆菌基因。比较高溶解氧浓度和低溶解氧浓度的条件下枯草杆菌的基因表达差异,研究人员发现降低溶解氧浓度的主要影响有:(1)增强碳代谢;(2)抑制氮源的降解;(3)抑制嘌呤合成。黄嘌呤(xanthine)的降解受到抑制从而导致腺苷酸合成的增强。能量代谢、细胞分化和蛋白合成相关的基因也受到溶解氧浓度的影响。这样的研究给我们提供了靶标,用以改造以提高腺苷酸的产量。

高氧浓度和低氧浓度条件下,表达谱芯片显示影响的信号通路。
 

应用案例2:比较丙酮丁醇梭杆菌两种菌株的基因组和表达谱
      Hu S, Zheng H, Gu Y, Zhao J, Zhang W, Yang Y, Wang S, Zhao G, Yang S, Jiang W. Comparative genomic and transcriptomic analysis revealed genetic characteristics related to solvent formation and xylose utilization in Clostridium acetobutylicum EA 2018. BMC Genomics. 2011 , 12:93. (影响因子4.206)
      物种: 丙酮丁醇梭杆菌
      案例介绍:丙酮丁醇梭杆菌是一种革兰氏阳性、孢子生殖的厌氧菌,它能生成丙酮、丁醇和乙醇。常见的丙酮丁醇梭杆菌菌株是ATCC 824。而前段时间发现的丙酮丁醇梭杆菌变种EA 2018不产生孢子,并且具有更强的有机溶剂生成能力。研究人员利用Roche 454对EA 2018进行了全基因组测序。比对EA 2018和ATCC 824的基因组序列发现了46个缺失和26个插入突变。利用Agilent的eArray定制芯片系统,研究人员比较了EA2018和ATCC 824的表达谱,发现spo0A、adhEII和CAC2613基因与有机溶剂合成能力有关。

应用案例3: Li L, Xu Z, Zhou Y, Li T, Sun L, Chen H, Zhou R. Analysis on Actinobacillus pleuropneumoniae LuxS regulated       genes reveals pleiotropic roles of LuxS/AI-2 on biofilm formation, adhesion ability and iron metabolism. Microb Pathog. 2011, 50(6):293-302. (影响因子2.000)
      物种:胸膜肺炎放线杆菌

应用案例4: Liang H, Zhao YT, Zhang JQ, Wang XJ, Fang RX, Jia YT. Identification and functional characterization of small non-coding RNAs in Xanthomonas oryzae pathovar oryzae. BMC Genomics. 2011, 12:87. (影响因子4.206)
      物种:水稻白叶枯病菌

应用案例5:Lu Y, He J, Zhu H, Yu Z, Wang R, Chen Y, Dang F, Zhang W, Yang S, Jiang W. An orphan histidine kinase, OhkA, regulates both secondary metabolism and morphological differentiation in Streptomyces coelicolor. J Bacteriol. 2011 Apr 22. (影响因子3.726)
      物种:链霉菌

应用案例6:Zhou Y, Yu WB, Ye BC.
      Variation of gene expression in Bacillus subtilis samples of fermentation replicates. Bioprocess Biosyst Eng. 2011 Jan 12. (影响因子2.060)

      物种:枯草杆菌

SBC已经完成的e-array物种清单:
动物:家蚕、地鼠、壁虎、青江鱼、血吸虫、涡虫、鸡。
植物:小麦、刺五加、西瓜、柑橘、月季、百脉根、茄科、玉米、牡丹。
微生物:阿维链霉菌、稻瘟菌、烟曲霉、结合分枝杆菌、乳酸杆菌、链霉菌、猪链球菌、马尔尼菲青霉菌、丙酮丁醇梭菌、天蓝色链霉菌、申克孢子丝菌、假单胞菌、布鲁氏菌羊种、 胸膜肺炎放线杆菌、枯草杆菌、水稻白叶枯病菌。

上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心(SBC)是Agilent公司在国内唯一认证的服务提供商,并被授予"Agilent公司亚太区最佳服务供应商”的称号。利用Agilent公司的eArray芯片定制系统,上海伯豪将为您提供芯片设计、芯片合成、芯片杂交与扫描、数据分析等全方面服务。2011年,多位科学家利用上海伯豪Agilent eArray定制芯片服务在国际知名期刊上发表了文章。

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