microRNA芯片筛选发现血清血浆中的胃癌早期诊断标志物

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所属分类:生物信息学

胃癌是世界第四大癌症,在所有癌症致死率排行中名列第二。每年都有超过一百万的病人被确诊为胃癌,其中75%来自亚洲。常见的胃癌相关生物标志物有癌胚抗原(carcinoembryonic antigen)和糖类抗原19-9 (carbohydrate antigen 19-9),但这些生物标志物对于早期胃癌诊断的灵敏度和特异性都不高。由于缺乏明显的症状及早期诊断方法,胃癌患者通常在晚期被确诊,而此时的平均生存率只有7-9个月。因此,发现新的高灵敏度早期胃癌生物标志物相当重要。

microRNA是一类小分子非编码RNA,在调控基因表达方面发挥着重要作用。最近有研究表明,不同的肿瘤显示出特异性的microRNA表达谱,肿瘤来源的microRNA能被释放到循环系统中,进入血液组织。而在血液组织中,microRNA能避免被RNase降解,具有良好的稳定性。因此,血清血浆中的microRNA有成为肿瘤生物标志物的潜力。例如,最近的研究发现在弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的血清中miR-21的含量比正常人群高。

在本文中,研究人员利用Agilent microRNA芯片,比较了胃癌患者与正常个体血清的microRNA表达谱,发现胃癌患者血清中,miR-378表达量高于正常人群。miR-378可以做为胃癌早期诊断的标志物。这一成果对于胃癌的早期诊断具有重要意义。相关microRNA芯片技术服务由上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心完成。

科学家们首先收集了7个胃癌患者、7个结肠癌患者和10个正常个体的血清样品,用Agilent公司的microRNA芯片进行microRNA表达谱分析,并对芯片结果进行RT-PCR验证。结果得到了7个在胃癌患者血清中高表达的microRNA。

随后用q RT-PCR的方法在另外收集的样品中对这7个microRNA进行进一步验证。使用U6 snRNA作为标准化内参,检测这7种microRNA的表达量,发现miR-187*,miR-371-5p,miR-378这三个microRNA在胃癌患者血清中特异性高表达。

随后,科学家们在大量样品中检测这三种microRNA诊断胃癌的能力,发现miR-378作为生物标志物的诊断价值最高,灵敏度达87.5%,特异性达70.73%,而增加另外两种microRNA联合诊断,并不能提高诊断价值。对比胃癌TNM分期不同病期样本血清中miR-378的表达量,发现miR-378在胃癌早期就有明显的表达上调,且与正常样本相比差别有显著意义。

综上所述,科学家们利用microRNA芯片发现miR-378在胃癌患者的血清中高表达,且在胃癌早期就有明显的表达上调。MiR-378作为生物标志物对胃癌进行诊断,灵敏度可达87.5%,特异性达70.73%。这一研究成果对于胃癌的早期诊断有重要意义。

原文: Hanshao Liu, Lin Zhu, Bingya Liu, Liu Yang, Xianxin Meng, Wei Zhang, Yueyun Ma, Huasheng XiaoGenome-wide microRNA profiles identify miR-378 as a serum biomarker for early detection of gastric cancerCancer Letters. 2 November 2011 (影响因子4.86)

上海伯豪生物技术有限公司(简称SBC)是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心旗下致力于研发外包服务的控股子公司。公司不仅是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商,同时也是Agilent公司和ABI公司在国内认证的服务提供商。目前拥有五大微阵列芯片服务平台(SBC、Affymetrix、 Agilent、NimbleGen和lllu mina芯片平台),三大第二代测序服务平台(ABI SOLiD 5500、lllumina Solexa、和Roche 454测序平台)以及ABI定量PCR、ABI 3730测序等验证服务平台。正在为国内外广大客户提供优质而稳定的服务。

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