生物芯片在药物靶点发现与药物作用机制研究中的应用

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所属分类:生物信息学

药物靶点发现与药物作用机制研究是生物芯片技术在药物研发中应用最为广泛的一个领域。在药物靶点发现和药物作用机制研究中所使用的生物芯片主要是指DNA芯片。在DNA芯片的表面,以微阵列的方式固定有寡核苷酸或cDNA。使用DNA 芯片可以对研究者感兴趣的基因或生物体整个基因组的基因表达进行测定。在当代药物开发过程中发现和选择合适的药物靶点是药物开发的第一步,也是药物筛选及药物定向合成的关键因素之一。人体是一个复杂的网络系统,疾病的发生和发展必然牵涉到网络中的诸多环节。当今严重威胁人类健康的心脑血管疾病、恶性肿瘤、老年性痴呆症和一些代谢紊乱疾病都是多因素作用的结果,往往不能归结于单一因素的变化。应用一些基因寻找策略如DD PCR等虽然为发现新的功能基因提供了一些线索,但还是有相当的局限性。而DNA芯片可以从疾病及药物2个角度对生物体的多个参量同时进行研究以发掘药物靶点并同时获取大量其他相关信息。因此可以说,在这种情况下,任何一元化的分析方法均不及 DNA芯片这种集成化的分析手段更具有优势。

DNA芯片在药物靶点发现与药物作用机制研究中的应用具体表现在以下几个方面。

比较正常不同组织细胞中基因的表达模式

基因的表达模式给它的功能提供了间接的信息。例如只在肾脏中表达的基因就不大可能与精神分裂症有关。一些药物的靶点是在整个身体中分布广泛的蛋白质,这类药物的不良反应往往比较大。而选择只在特异组织中才表达的蛋白作为药物筛选的靶点,可以减少药物对整体产生的不良反应,因而更引起人们的关注。例如骨质疏松症(osteoporosis)与破骨细胞(osteoclasts)的功能有关,破骨细胞可以破坏并吸收骨质,当骨质的形成与破坏出现不平衡的时候,就会导致骨质疏松症。如果破骨细胞的功能得到抑制,那么就可以控制骨质疏松症的发生和发展。

利用已有的人类EST序列和DNA芯片技术,可以容易地得到只在破骨细胞中进行表达的基因如 cathepsink基因,它编码半胱氨酸蛋白酶。以 cathepsink基因作为靶标,筛选对它有抑制作用的药物,就有可能得到治疗骨质疏松症的药物。但是这种方法也有其局限性,它只能得到mRNA水平的表达谱,另外组织一般由多种细胞组成,而要将这些细胞分离很困难。

研究正常组织与病理组织基因表达差异

正常组织在病变的过程中,往往伴随着基因表达模式的变化。基因表达水平的升高或降低,可能是病变的原因,也可能是病变的结果。若基因表达的变化是病变的原因,则以此基因为靶点的药物就可能逆转病变;若基因表达的变化是病变的结果,则以此基因为靶点的药物就可能减轻病变的症状。DNA芯片技术可以在病理组织与正常组织之间一次比较成千上万个基因的表达变化,找出病理组织中表达异常的基因。Heller等提取正常及诱发病变的巨噬细胞、软骨细胞系、原代软骨细胞和滑膜细胞的 mRNA,用包含细胞因子、趋化因子、DNA结合蛋白及基质降解金属蛋白酶等几大类基因的cDNA芯片进行筛选,发现了数种变化明显的基因。

其中除了有已知与类风湿关节炎有关的TNF,IL-1,IL-6,IL- 8,G-CSF,RANTES,VCAM的基因外,还有编码基质金属弹性蛋白酶HME,IL-3,ICE,趋化因子Groα 等的基因。而以前认为金属弹性蛋白酶只存在于肺泡巨噬细胞和胎盘细胞中。弹性蛋白酶可以破坏胶原纤维及组织基底膜层,它在类风湿关节炎病理组织中的出现,为治疗该病提供了新的药物靶点。

利用DNA芯片来寻找疾病相关基因的策略尤其适用于病因复杂的情况。例如,恶性肿瘤的发生常常是多基因共同作用的结果,DNA芯片技术在肿瘤细胞基因表达模式及肿瘤相关基因发掘中具有重要的作用。Wang等将一些看家基因、细胞因子及受体基因、细胞分裂相关基因及其他一些癌基因共5766个基因的cDNA探针固定在芯片上,对正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA进行分析,发现二者之间30%基因表达相差2倍以上,9%相差3倍以上,其中上调较为明显的有CD9.上皮糖蛋白(ep ithelial glycoprotein)、p27及HE蛋白激酶抑制物等。这些结果不仅进一步证实了以前用其他方法获得的结果,还提供了一些新的信息。

再如,Kapp 等用包含950个DNA探针的DNA芯片分析比较霍奇金病细胞系L428及KMH2与EB病毒永生化的B淋巴细胞系LGL-GK的基因表达港,发现霍奇金病源的细胞系中白细胞介素-13(IL-13)及白细胞介素-5(IL-5)表达异常增高;用IL-13抗体处理霍奇金病源的细胞系可显著抑制其增殖。此发现提示,IL-13可能以自分泌形式促进霍奇金病相关细胞增殖。IL-13及其信号转导途径可能成为霍奇金病治疗及药物筛选的新靶点。

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