如何用FFPE组织样品进行高通量检测?

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所属分类:生物信息学

摘要:

福尔马林固定石蜡包埋的方法处理(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded,FFPE)的样品代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料,如何从这些样品中挖掘出有效的信息呢?上海伯豪生物技术有限公司针对FFPE样品的高通量分析,建立了整套的SOP 标准解决方案,帮助广大科研工作者更好的利用FFPE 样本资源,进行各类高通量组学分析。以下为公司利用微阵列芯片研究FFPE样品的部分实验案例和解决。

使用芯片技术研究通常需要使用新鲜的样本或快速冷冻的样本,但是世界上大约有数十亿份组织样品保存在医院或者组织样品库中,其中绝大多数是FFPE样品。如何获得FFPE 样本所蕴藏的生物信息,如何利用分子生物学方法对FFPE 样本进行检测,进而针对FFPE 样本进行高通量组学分析就变得越来越重要。

一、FFPE样本准备、储存及运输

样本质量是确保下游研究应用(微阵列芯片、新一代测序,Real-Time PCR等)中获得高质量数据的关键。 FFPE 样本质量与样本固定时间,储存条件与储存年限等密切相关。

二、FFPE样本的质量控制

采用NanoDrop、 Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析仪进行样品质检工作。

石蜡样本中提取的mRNA/DNA均为降解,除特殊要求外,只根据mRNA/DNA总量来判断是否可以进行后续实验。

下表就针对几种常见的微阵列芯片类型,推荐了相应的起始材料及最低需求量。

三、新鲜冻存样品与FFPE样品的高通量检测对比数据

上海伯豪公司研究人员使用芯片对快速冷冻的样本以及与之相匹配的相应的FFPE 样本进行了研究,得到了以下对比数据。

应用 Affymetrix 平台进行表达谱研究

*使用芯片: Affymetrix Human U133 Plus 2.0

*FF(新鲜冻存,fresh frozen)样品

应用 Agilent 平台进行miRNA研究

*使用芯片:Agilent Human miRNA 芯片V16.0

*芯片质控:gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig *﹤15

*gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig:去除背景信号,非质控重复探针中位值变异系数百分比

应用 Agilent 平台进行CNV研究

四、新机遇

实验结果表明,在表达谱芯片的研究中,虽然FFPE样本有明显降解,但FFPE组织与新鲜冷冻组织在芯片上的平均检出率和背景都差不多;在miRNA芯片的研究中,两种样品的各项芯片质控指标相当;在CNV芯片的研究中,虽然新鲜冷冻组织的信号表达量较高,但两种样品的背景噪音值非常相近。

运用FFPE组织样品进行高通量检测,可以对存档的标本,进行常规分析,从而进行大规模回顾性研究。

文章来源:上海伯豪生物技术有限公司

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