生物芯片实验样本采集操作指南(细胞,血液,组织)

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所属分类:生物信息学

RNA的质量对于芯片实验的成败至关重要。现在大多数的生物芯片服务供应商除了接收客户提供的RNA样品之外,也提供帮客户从样本中提取RNA,从而进行芯片实验的服务。

下面是(上海)伯豪公司提供的生物芯片实验样本采集操作指南,希望对各位老师有用。

一、细胞及血液样本(RNA)

贴壁细胞

1. 贴壁细胞培养诱导结束后,去除培养液;
2. 按每10 cm2 细胞加2 mL TRIzol 试剂的比例加入TRIzol 试剂;
3. 缓慢旋转培养瓶数次,使TRIzol 试剂充分接触培养瓶表面进行消化;
4. 转移到RNase-free 的试管中用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,使之充分溶解于TRIzol 中形成清亮不粘稠的液体;
5. 放入干冰或-80℃冰箱中保存。

悬浮细胞

1. 悬浮细胞培养诱导结束后,去除培养液;
2. 保留的细胞用PBS 缓冲液快速洗一次,离心除去PBS 缓冲液;
3. 按照每5×106 个细胞加1 mL TRIzol 的比例加入TRIzol 试剂,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,使之充分溶解于TRIzol 中形成清亮不粘稠的液体;
4. 放入干冰或-80℃冰箱中保存。

血液

1. 在已加入抗凝剂(EDTA)的新鲜全血中加入等体积PBS(1×),充分混匀;
2. 缓慢转入另一已加入淋巴细胞分离液的离心管中,并使上述混合液处于淋巴细胞分离液液面之上(即两种液体不要混合,保留清晰的界面),3000 g 离心30 min;
3. 用移液枪小心分离出白细胞层;用PBS(1×)清洗白细胞,离心回收白细胞,弃去上清;
4. 加入白细胞20 倍体积的TRIzol 试剂,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,使之充分溶解于TRIzol 中形成清亮不粘稠的液体;
5. 放入干冰或-80℃冰箱中保存。
 
注意事项

1. 我们不接收未经TRIzol 试剂处理的细胞样本以及未经分离白细胞的全血样本。
2. 客户如果提供冻存可复苏的细胞株,应首先验证所用冻存方法用于RNA 提取的可靠性,并且在送样时提供详尽的复苏方法,以便确保实验成功。
3. 所有样本均应标明准确的样本编号,同时配有一张样本登记表,写明样本名称、种类、编号、取样日期、样本处理情况等。
处于不同发育阶段以及不同生长条件的样本中所含有的RNA 的量是不同的,在某些实验条件下或某些病变部位获得的样本中RNA 的量可能与常规相应样本有显著的差异。储存条件以及储存时间也是影响RNA 得率的关键因素,一般来说从新鲜的样本中总是能够得到预期的RNA 产量,但是没有保存在液氮或-80℃ 冰箱中的样品是不可靠的。即使是保存在液氮或-80℃冰箱中的样品,如果储存时间过长,RNA产量也会显著降低。因此,实验中细胞样本的需要量只能以本公司的抽提结果为准。

二、组织样本(RNA)

动物组织

1. 首先准备好用于包装样本的铝箔或冷冻保存管,并且用油性记号笔在铝箔或冻存管外表多处写明样本编号。
2. 准确切除所需组织后,立即剔除结缔组织和脂肪组织等非研究所需的组织类型。
3. 在RNase-free 的生理盐水中迅速漂洗样本,以去除血渍和污物。
4. 用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织,迅速投入液氮冷却。
5. 填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。

临床标本

1. 准确切除所需组织后,立即投入液氮冷冻。
2. 用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织。
3.样品操作最好在冰上进行。
4. 填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。

植物组织

1. 准确取得所需组织后,立即用准备好的铝箔包裹组织。
2. 立即投入液氮冷冻。
3. 填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。

注意事项

1. 如用液氮罐存放样品
包裹组织的铝箔或冷冻保存管转入样本袋时,请按以下步骤进行:把样本袋(纱布袋等)放入液氮中冷冻一下,而后将液氮冷却的组织放入样本袋(每个样本袋只保存同样的组织,样本较多时应分装至多个小袋,不要在一只样本袋中放过多的样本以防无法放入液氮罐或无法从液氮罐中取出),袋口留一根编号绳,绳上粘2张标签纸(标签上注明:客户名、样本名称、编号、日期,粘2张标签纸是为了防止标签脱落造成样本混乱),迅速转入液氮罐。
2. 如用广口容器液氮暂存
建议用进口高质量冻存管,油性笔标记后,样品迅速放入管中,拧紧后迅速放入液氮中。然后再转移到超低温冰箱中保存。
3.直接干冰中保存并邮寄的
建议全部用进口冻存管,油性笔标记后,样品迅速放入经干冰预冷的冻存管中,放入样品袋,埋入干冰中,密封包装后,运输。

对于液氮保存样品,务必注意:

(1)不要用Eppendorf管,因为Eppendorf管从液氮中取出时极易发生管子爆裂而造成样本损失。
(2)不要用国产冻存管,因为国产冻存管从液氮中取出时也常发生爆裂,可能造成样品损失或伤人。

处于不同发育阶段以及不同生长条件的样本中所含有的RNA的量是不同的,在某些实验条件下或某些病变部位获得的样本中RNA的量可能与常规相应样本有显著的差异。储存条件以及储存时间也是影响RNA得率的关键因素,一般来说从新鲜的样本中总是能够得到预期的RNA产量,但是没有保存在液氮或-80℃冰箱中的样品是不可靠的。即使是保存在液氮或-80℃冰箱中的样品,如果储存时间过长,RNA产量也会显著降低。因此,实验中组织的需要量只能以实际抽提结果为准。

强烈建议:

为确保实验的顺利,我们强烈建议您在取样时,应同时备份2~3 份,如备份3份,则送给我们两份,如果备份2份,则送样一份,您自己留一份,以防备部分样品降解,重新取材或送样将耽误您的时间。即使样品全部合格,备份的样品您还可以用来进行其他方面的实验(如定量验证,蛋白方面,生化方面的实验等)。

备份又分为两种,一种为严格备份,即:样品取下后一分为二,这样的两份样品基本上具备同性质。另一种为非严格备份,即生物学重复的样品,这样的备份样品同质性要较前者差。

本文技术支持:

上海伯豪生物技术有限公司
丁香通商铺:http://tong.dxy.cn/sbc/index.htm

上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心(简称SBC)是由国家发改委批准建立的生物芯片国家工程研究中心之一,通过七年的建设,已建立了基因表达谱芯片,基因分型,蛋白与抗体,组织库与组织芯片和生物信息学等技术平台,是国家“863”计划生物芯片专项的主要承担者之一。公司不仅是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商,同时也是Agilent公司和ABI公司在国内唯一认证的服务提供商,且先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”和“Affymetrix公司优秀服务商”称号。

 

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