RNA生物信息

  • A+
所属分类:生物信息学
 

1.RNA Ontology Consortium简介
RNA本体联盟(RNA Ontology Consortium,ROC) 是用来搭建一个整合的概念架构-RNA本体( Ontology,RO)-用它来理解RNA在生物学上的功能,用它进行RNA生物学、化学以及基因组学前沿研究。确切的目标就是创建一套有关RNA兼容的结构、具有动态形式的控制字汇和分类系统,这些都是以RNA序列、次级结构以及三维结构为基础。它们的中心目标就是鉴定所有RNA的特征,相互作用,以及在一些数据库和文献中提及存储的RNA基序(motif),给予他们定义,用一种结构性的方式来进行书面的定义。这些都是非常及时有用的关于RNA对积累和进展的知识。因此构建RO的目标有以下几点:
1.  整合所有的RNA序列和结构数据库
2.  创建强大的软件平台
3.  强大科学家队伍将多样的信息数据和数据的积累转化成生物学的应用型知识推动RNA科学的进步
为了达到这些目标就是关注于ROC之间RNA科学家的相互交流与合作,一起面对面的频繁多讨论,辩论以及解决一些概念性的问题。因此一些重要学术交流会显得十分的重要,这些会议能够在RNA研究的不同层次和水平上创建研究的方向。ROC希望通过整个分散的信息数据资源,研发出整合的软件以及合作交流工具来扩大以及增强bench科学家对试验数据的阐释,计算机及其基因组学者对基因组数据的阐释。RCO通过会议及其网络平台一起紧密工作在一起,用Gene Ontology 和Sequence Ontology的资源来共同创建更为广发的整合的Ontology来推动RNA研究。

2.Gene Ontology简介
Gene Ontology 通过提供一套结构、具有动态形式的控制字汇和分类系统来解释真核生物的基因和蛋白质在细胞内所扮演的角色。同时大部分基因在不同的真核生物中拥有共同的主要生物学功能,因此利用Gene Ontology可透过在某物种上所获得的基因或蛋白质的生物学知识来解释在其他物种中所对应的基因或蛋白质。Gene Ontology Consortium 有一个整合的分类系统,一个基因或蛋白质可通过分子功能(molecular function)、生物过程(biological process)、基因产物的细胞成分( cellular componet)三个层次得到注释。Gene Ontology project是能将生物学统一起来的工具,是我们对基因及其产物进行功能分类时,应需参考的数据库。同时还出现了利用GO的控制字汇对UniProt进行注释的数据库Gene Ontology Annotation (GOA) database.

3.Ontologies 的优势
a.Ontologies主要目标:
b.展示和共享社团知识
c.展示数据库信息
d.支持跨越多个数据库智能查询
e.enable reuse of domain knowledge
f.support automated reasoning and inference over domain knowledge.

4 RNA ontology 涉及的知识领域
作为RNA领域新兴的概念,主要知识领域如下:
1 RNA 序列信息(1D): coding and noncoding, and their identification in genomes (to be incorporated within the Sequence Ontology).
2 RNA 次级结构以及Watson-Crick 碱基配对
3 RNA 3D 结构和基序: backbone conformations, base stacking, and tertiary interactions.
4 RNA同源序列的比对.
5 RNA比对与3D结构之间的关系.
6 RNA–RNA, RNA–protein, and RNA–ligand (metabolite,drug, metal and other ion, and water) interactions.
7 RNA conformational changes and dynamics of functional significance.
8 RNA 分子生物学(RNA加工,成熟以及剪接等等).
9 Biochemical and biophysical experimental data relating to RNA structure and structure–function relationships.
10 RNA as regulator of biological networks and pathways.

5.RNA数据库的整合
见图

(责任admin)

  • 蛋白质组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin
  • 代谢组学业务咨询
  • 扫码咨询相关问题
  • weinxin

发表评论

:?: :razz: :sad: :evil: :!: :smile: :oops: :grin: :eek: :shock: :???: :cool: :lol: :mad: :twisted: :roll: :wink: :idea: :arrow: :neutral: :cry: :mrgreen: