如何用COBALT构建本地的多序列比对(Linux系统)

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所属分类:生物信息学
 

COBALT 是一个蛋白的多序列 比对工具,也用到RPS-Blast , BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT 比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章”  COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具) ”。

这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对 ,在Linux 系统的配置步骤如下:

1. 登陆Ftp:ftp://ftp.NCBI .nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/,下载cobalt里的所有文件

ncftp /pub/agarwala/cobalt > lscdd.aux   cdd.freq   cdd.phr  cdd.psd   cdd.psq    cobalt.linux     READMEcdd.blocks  cdd.loo  dd.pin   cdd.psi  cdd.rps     patterns     README.cobalt

2. 设置全局变量:setenv COBALT ,这里不设置也是可以的。下面直接用全路径就是

3. 准备你所要比对的蛋白序列(Fasta 格式)

4. 运行的代码如下($COBALT也可以用全路径代替):

       $COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \       -b $COBALT/cdd.blocks -i  \       -p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq

5. 输出的结果是Fasta格式。

查看详细说明,用

$COBALT/cobalt.linux –help

 

更详细的说明文档看cobalt文件夹里的README.cobalt。

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