学习怎样做一个简单的酶切图

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所属分类:生物信息学

酶切图谱(Macrorestriction Map):描述限制性内切酶的酶切点的位置和距离信息的图谱。

这里简单介绍一下用DanMan软件怎样做限制性酸切图。这是以前上生物信息学(选修课来着)这门课程时学到的。我并不需要用到这些,所以对于这个没有深入研究。这里只是简单介绍一下做酶母菌质粒的酶切图。有不对的请指出。

画酶切图基本的思路就是,找到全长的序列(最好是GenBank格式),然后借助软件画图。就是这样的简单。

1, 登陆NCBI,选择Taxonomy用关键词yeast搜索。这里的就不多讲了,不明白的话就看一下以前的一些教程就可以啦,例:知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因?、知道基因名(Symbol)怎样查找基因的序列?

2,出来的结果挺多的。根据需要确定咯。这里选第一个' aromyces cerevisiae'做例子。

3,打开后,在右边可以看到对这个生物的测序情况。看'Genome Sequences'这一栏,有18条记录,点击进去。一般来讲,做酶切图都是拿全基因组的序列。当然,你也可以根据需要。

4,18条记录中,大多数都是酶母菌的各个染色体的全长序列。刚好有个是质粒的全长序列。所以就把NC_001398当做例子,因为如果你是做克隆用的话,那用质粒应该是没错的。况且才6318nt,序列也短多了嘛。这里提供链接直接到NC_001398的GenBank格式。

5,复制NC_001398的所有数据(GenBank格式的)。打开DnaMan,新建,粘贴。这时当然默认当你安装好了DnaMan。

关于 DnaMan的,你还可以看另一篇教程:如何把clusterX的结果转为漂亮的图片。其它详细的用法,请在网上自行搜索。粘贴后,全选,从选择中载入序列,看下图。这一步是必须的,才能继续下面的步骤。

6,栽入序列后,就可以做酶切分析了。

7,选上'画酶切图(Draw restriction map)',选上'圆形的(circular)',质粒是环形的嘛。

8,这一步,选择你所需要的酶切位点,全称的话就太多啦,眼睛会看花了。

9,这里全选,这里的选项是根据序列的注释来的,所以说选用GenBank的格式是多么的有用。单独只是序列的话就没这效果啦。

10,大功告成。一个简单的酶切图,就完成了。双击某个区域可以做一些调整。看到的一些线条也可以拉动到一个合适的位置。慢慢研究吧。

结语,一开始就说了。用DnaMan做出来的酶切图是比较简陋的。当然是还有其它的强大的工具可以使用。但我没研究过,所以就不知道啦。有兴趣的就网上自行搜索吧。

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